许多环境变化是长期、缓慢发生的。有机农业考虑到农业干预行动对农业生态系统的中长期影响。有机农业既生产粮食，又建立生态平衡，防止出现土壤肥力下降问题或虫害发生问题。有机农业采取积极的措施，而不是在问题发生之后才加以处理。

　　有机农业通过减少对农业化学品的需求，降低了非再生能源的使用(农业化学品的生产需要大量矿物燃料)。有机农业能够把碳截留在土壤中，帮助了减轻温室效应和全球变暖。有机农业使用的许多管理方法(如少耕制、秸杆还田、种植覆盖作物、轮作、更多地结合种植固氮豆科作物)使更多的碳返回土壤，提高生产率和有助于碳储存。

　　同时，有机农业还是各级生物多样性的保管者和使用者。在基因一级，传统和改良种子和品种因抵御病害和恶劣气候能力强而受欢迎。在品种一级，动植物的不同组合优化了农业生产的养分和能量的循环利用。在生态系统一级，有机农田保持没有化学投入物的天然环境，为野生动物创造了有利的生境。频繁使用利用不足的品种(往往为增强土壤肥力而轮种)减少了农业生物多样性的侵蚀，形成较为健康的基因库--今后适应的基础。提供食物和庇护所以及没有农药吸引了新品种或重新定殖品种来到有机农区(长期和迁移)，其中包括野生植物、动物(如鸟)和有益于有机农业的生物，如授粉者和害虫天敌。

　　有机农业对自然资源的影响有助于农业生态系统内部的相互作用;所以，有机农业发展对于种植环境的要求就是尽量保障原生态，这些相互作用对农业生产和自然资源保护都极为重要。产生的生态服务包括土壤形成和改良、土壤稳定、废物循环利用、碳截留、养分循环利用、掠食(害虫)、授粉和生境。通过选择有机产品，消费者利用他们的购买力促进了污染较少的农业生产方式，降低了农业在环境方面隐藏的自然资源退化成本。Jules Pretty最近的出版物: 《现代农业的实际成本》更加详细地探讨了其中许多问题。