日本农林水产省的统计显示，2012年全国稻米总产量达1054吨，其中，有机米只有21396吨，占总数的0.18%。虽然日本十分重视发展有机农产品，但是日本农业资源有限仍是其最大的短处，所以日本很大一部分依赖进口产品，更为重要的是日本民众热衷有机食品。

　　目前，日本有机农产品以绿茶的比例最高，但在十万吨的年产量中也只占1.61%即1,610吨，有机农产品占整体农产品的平均比例也只有0.16%。包括有机米在内的有机种植，主要目的是为减轻农作物对土壤环境的负荷，原则上禁止使用农药、化学肥料，也不准使用基因重组技术。但是，针对因应意外病虫害等造成的损害，在第三者认証机构评价的条件之下，则可能紧急使用合乎规定的农药和化学肥料。

　　由于种植环境规定的严格，日本认定的有机农产品农家迄今还不到8,000户。统计指出，2002年6月有3,639户，随后年年微增，2005年3月达4,664户，但2006年3月略减至4,611户，2012年3月增至7,850户。日本有机米由于产量相当有限，目前仅在国内市场销售，并未出口。根据农林水产省的统计，有机米的51%是透过农会销售，26%由农家直接卖给消费者，10%由零售商出售，8%由消费者团体贩卖，还有3%则透过食品加工业者的管道。

　　林水产省调查指出，19%的消费者表示常购买有机农产品，52%指出偶而购买有机农产品，显示出高达七成的消费者肯定有机农产品。购买包括有机米在内的有机农产品的最大理由是比一般农产品安全和安心，接着依次是有益健康、比一般农产品可口及有利保护环境。针对今后是否购买有机农产品，42%表示将继续购买，24%表示若价格降低将考虑购买，15%指出若值得信赖将购买，另有13%表示若能了解有机农产品的特色将考虑购买。表示无意购买的只有1%。