为确保目标完成，实施意见从五个方面提出了具体工作措施。
加强收集保护，实现应保尽保。全面开展普查征集和抢救性收集，加强农作物、畜禽、水产种质资源和农业野生植物资源的普查、系统调查与抢救性收集，加强主要农作物审定品种、非主要农作物登记品种收集整理和入库保存。加强关键环节基础设施建设，完善提升省级农作物种质资源中心建设，建成省级种畜禽遗传资源基因库，加强农作物种质资源保护区、保种场和种质圃建设。
强化鉴定评价，促进高效利用。建立健全种质资源鉴定评价体系，搭建以品质、抗病、抗逆等重要性状为主要目标的专业化、标准化、智能化资源鉴定评价与基因发掘技术平台。开展农作物节水、优质、适口、抗逆、省工等重要经济性状形成机制、群体协同进化规律、基因组结构和功能多样性研究，强化育种创新基础。
健全体系机制，提升保护能力。明确省级农作物、果树、种畜禽种质资源保护单位和野生植物原生境保护点，地方畜禽、水产遗传资源保护单位。建设农作物种质资源、畜禽遗传资源等资源保护利用专业化、信息化管理平台。积极探索创新农业种质资源组织管理和实施机制，推行政府购买服务，鼓励企业、社会组织承担农业种质资源保护任务。强化科技支撑，建立集种质资源保护创制、新品种选育、种子种苗快繁和试验示范于一体的种子创新体系。
强化开发利用，提升种业竞争力。实施专项开发，加强优异种质资源创制和突破性新种质研发。搞好多形式利用，深入推进种业科研人才与科研成果权益改革，鼓励农业种质资源保护单位开展资源创新和技术服务，鼓励育繁推一体化种业企业开展种质资源收集、鉴定和创制，鼓励支持地方品种申请农产品地理标志产品保护和重要农业文化遗产，推动资源优势转化为产业优势。
完善政策支持，强化基础保障。加大省级基础研究、现代种业科技专项、现代种业提升工程等科技专项对农业种质资源保护工作的支持力度。合理安排新建、改扩建农业种质资源库（场、区、圃）用地，科学设置畜禽种质资源疫病防控缓冲区。
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