有机农业是当今人们在对自然新的认识和理解的基础上所形成的一种新型的农业生产方式。有机农业尽管与中国传统农业有着广泛的联系，但它们并不等同。它们之间的区别主要表现在以下几个方面。

　　时代背景不同

　　中国传统农业是在科技水平不发达、生产力水平较低下的条件下，人们不断对农业生产三大要素“天、地、人”及其相互关系进行探索，对其规律进行总结和概括，逐渐进步的结果。

　　这种农业大量使用有机肥、种植绿肥，进行病虫害的农业防治与生物防治，这些是在没有化学肥料和农药可资利用的情况下而进行的。而现代有机农业是由于人们认识到石油农业高能耗、高投入，土壤退化、环境污染、病虫抗性、农药残留等弊病，从保护土地资源的角度提出来的。它是在科学进步、工业化水平高、人们环境意识不断增强的背景下诞生和发展的，是对农业生产中化学能投入的主动排斥或约束。

　　科学基础不同

　　传统农业是一种经验农业，缺乏系统的现代科学理论的指导，对自然规律的认识往往只停留在表面现象上，而不知其本质。现代有机农业是随着生物学、生态学、土壤学的发展，随着对自然规律的本质了解，人们对我国传统农业数千年长盛不衰的科学反思，是对人与自然的关系重新认识的结果。因此有机农业不像传统农业那样，仅以直接经验为指导，而是以现代科学进步为背景。有机农业的发展也不只是靠经验总结，而是在吸收我国传统农业经验的基础上，以生物学、生态学原理为指导进行科学试验，在试验中探索解决问题的办法，在试验中取得精确数据，并在试验研究中不断发展。

　　生产条件不同

　　中国传统农业是以人畜力为主的农业，没有先进的生产工具，劳动生产率相当低下。而现代有机农业是建立在先进的劳动生产工具和科学技术成果的基础之上的。就作物品种而言，科学选育的高产作物品种(不包括转基因工程品种)，是农业获得高产的前提，只要有机农业能保证提供足够的有机肥料，就可能获得同现代农业一样的，甚至更高的产量。在作物病虫害防治方面，生物防治较之传统农业有很大的进展，微生物农药已有大规模生产的产品，天敌益虫的人工繁殖也有突破，如利用苏云金杆菌、青虫菌、白僵菌、核多角体病毒防治农林害虫，应用松毛虫赤眼蜂防治玉米螟等。

　　有机肥的生产也能工厂化进行。还有现代化的农业机械、运输工具、水利设施、科学的管理方法等。这些提高劳动生产效率、节约劳力、增加效益、战胜自然灾害的农业生产条件和方法都是传统农业所无法比拟的，而它们又是保证高产高效的必要条件。