随着农业种植结构进行战略性调整，自2001年起全国实施“无公害食品行动计划”以来，特别是2002年，在市委、市政府打造“绿色南京”的战略决策推动下，从优化发展环境、加强体系建设、规范认证管理、提供优质服务、强化产销对接、加快市场开发等方面入手，加大了有机食品的开发力度，使有机食品产业的发展取得了显著的突破。

　　全市有机农产品生产主要分为蔬菜、水稻、水产和园艺产品四大类，其中，有机水稻主要集中在高淳桠溪镇、东坝镇、古柏镇，溧水白马镇，有机蔬菜主要集中在溧水白马镇和永阳镇、六合竹镇和马集镇。

　　有机水产品主要为螃蟹和鳙鱼，其中有机螃蟹主要集中在高淳固城湖、阳江镇，有机鳙鱼主要集中在浦口佛手湖和六合金牛湖，有机园艺产品主要为茶叶、黑莓等，其中有机茶叶主要在高淳、溧水洪蓝镇、江宁横溪镇、浦口石桥镇、六合方山林场等地。

　　南京市有机农业的发展起步于1996年，以溧水县共和乡有机食品发展有限公司在国家环保总局有机食品发展中心的指导下，建成南京市第一家有机农业示范基地为标志。至2011年12月底，全市共有113个农产品通过有机认证(COFCC和OFDC)，全市有机农产品面积达到12.94万亩。