水生植物展示区是上海辰山植物园的一大特色，由特殊水生植物园和湿生植物园与王莲睡莲区、水生鸢尾区共同组成。根据植物园整体规划，特殊水生园植物设计时，采用了土工布防渗保水，设计不同高度的砖混结构隔离开8个不同主题的展示池，主要展示125种不同的水生植物及其品种。

　　至2014年底，特殊水生园经历了5年的发展，接待游客不计其数，但也遇到了一些问题和瓶颈。由于堆砌地形的沉降、砖混和土工布防水结构的漏水，导致整个展示区水位保持难度较大，不能保证足够的水体深度，野菱等根生浮叶植物和一些沉水植物因不适宜生长而消失。同时，水生植物常具有较强的繁殖能力，不但能以种子进行有性繁殖，而且还能以它们的分枝或地下茎进行营养繁殖，特别是一些入侵种类经过5年的生长后布满整个展示池，抑制了其它种类的生长。

　　因此，针对水生植物展示存在的不足，对特殊水生园也作出了更新改造的措施：（1）通过改造8个展示池的土建结构，采用混凝土和HPEP防渗膜结构提升防渗效果；（2）植物种类选择上，更突出水生植物对陆生环境的适生性和功能性，发挥水生植物的观赏、净水、科普等功能，更新植物种类和品种；（3）在易恶性扩繁种类的展示时，通过盆植或圈养的种植方式，以保证植物种类的丰富度和多样性。